Kamar Operasi adalah salah satu fasilitas yang ada di rumah sakit dan termasuk sebagai fasilitas yang mempunyai banyak persyaratan. Fasilitas ini dipergunakan untuk pasien pasien yang membutuhkan tindakan operasi, terutama untuk tindakan operasi besar. Proses operasi meskipun sebuah operasi yang komplek akan terbagi menjadi 3 periode yaitu :
1. Prior Surgery,
2. During Surgery dan
3. After Surgery.

Kamar Operasi RSUD Koja terdiri dari:
- Lantai 1 Gedung B
- Lantai 3 Gedung B
- Lantai 4 Gedung C
- Lantai 5 Gedung D