Saat ini RSUD Koja memiliki 5 Gedung yang meliputi

1. Gedung A

Gedung A memiliki 16 lantai yang saat ini digunakan untuk IGD Trauma Center, Poliklinik Paru, Laboratorium, dan Aula

2. Gedung B

Gedung B Memiliki 8 Lantai yang digunakan untuk Poliklinik, Instalasi Gizi, Laundri, Kamar Jenazah, Ruang Rawat Inap Kelas 3 dan Khusus

3. Gedung C

Gedung C memiliki 8 Lantai yang digunakan untuk Manajemen, dan Ruang Perawatan Kelas II, Kelas I, VIP dan VVIP

4. Gedung D

Gedung D memiliki 16 Lantai yang digunakan untuk Poliklinik, Ruang Perawatan Rawat Inap Kelas III dan Kelas Khusus

5. Gedung E

Gedung E memiliki 8 Lantai yang digunakan untuk Parkir kendaraan hingga lantai 5, Ruang Management, Aula dan Sports Center