Laboratorium merupakan pemeriksaan penunjang medik untuk mengetahui atau mendiagnosa suatu penyakit tertentu, serta memonitoring status kesehatan pasien.

Instalasi Laboratorium di RSUD Koja terdapat di Lantai 3 Gedung A, buka 24 JAM dan memiliki tenaga-tenaga profesional.

Selain itu RSUD Koja memiliki Bank Darah yang dapat membantu pasien mendapatkan darah dengan mudah dan cepat. Serta didukung dengan peralatan yang canggih dan terintegrasi dengan Laboratory Information System (LIS).

Fasilitas Laboratorium yang kami hadirkan diantaranya :
- Hematologi & Hemostatis
- Kimia
- Immunoserolgi
- Hormon dan Alergi
- Urinalisa/Faeces
- Mikrobiologi
- Petanda Tumor
- Drug Abuse

Selain itu guna menunjang pemeriksaan laboratorium tersebut kami menggunakan peralatan yang modern, diantaranya :
- Hematologi
- Kimia Darah Bebas
- Ves matic
- Vidas
- Hemostatis Sysmex CS-2100
- Architest plus 4-100
- SRS 100/11 bio one
- Elektrolit
- AGD nova pho+L
- CD 4
- Mikrobiologi
- HBA a1c & HB
- Tes morinalisa Climitex atvantus
- Tes cepat molekuler