Perinatologi adalah unit pelayanan dibidang kesehatan bagi bayi yang baru lahir. Pelayanan ini diberikan pada usia bayi 0 - 28 hari terutama dengan risiko tinggi yaitu penanganan bayi premature, gangguan pernapasan, kelainan jantung, kelainan bawaan pada bayi baru lahir dan bedah anak.

RSUD Koja memberikan layanan khusus untuk pasien Neonatal Intensive Care Unit (NICU) dengan kapasitas 20 Tempat Tidur yang terletak di Lantai 9 Gedung D.
- Memiliki 40 Tempat Tidur Perina Bayi yang terletak di Lantai 2 Gedung B
- Memiliki 4 Box Bayi yang terletak di Lantai 7 Gedung A
- Memiliki 20 Box Bayi yang terletak di Lantai 7 Gedung B
- Memiliki 10 Box Bayi yang terletak di Lantai 7 Gedung B
- Memiliki 4 Box Bayi yang terletak di Lantai 5 Gedung C
- Memiliki 4 Box Bayi yang terletak di Lantai 6 Gedung C
- Memiliki 4 Box Bayi yang terletak di Lantai 7 Gedung C
- Memiliki 2 Box Bayi yang terletak di Lantai 8 Gedung C
- Memiliki 4 Box Bayi yang terletak di Lantai 8 Gedung C